ローゼたちパピヨン戦士がレギーナ・アピスの野望を打ち砕いた、「新宿歌舞伎蝶ランジェリー戦争」と呼ばれた戦いから1年が過ぎた。
ヒカルの双子の弟のヒビキら地球側のエージェントと金星人との間で会談がもたれ、金星人は「宇宙人が地球を侵略するだろう、それを阻止するにはパピヨン戦士を復活させるしかない」と警告していた。
しかしつぼみたちは戦士の時の記憶を無くし、アキバの街でそれぞれの道を歩んでいた。
そうした中、宇宙人「スサノオ三姉妹」が侵略を開始、巨大な宇宙船がアキバの上空に出現した。
つぼみはパピヨンローゼとしての記憶を取り戻し、宇宙人との新たな戦いに突入する。